Dans la série, les persos jouent le jeu avec de petits canons fixés à leurs bras comme des disques de duel. Atemu est toujours ici, avec les objets du millénium, et chacun semble avoir de nouveaux équipements.
Yugi et son Yami, Grand père, Téa, Tristan et Joey se retrouvent emprisonné dans un endroit mystérieux à cause d'une pyramide. A l'intérieur les monstres se trouvant dans les capsules sont réels. En fait c'est un mélange des capsules et de la saison Virtual Arc.