Histoire : Ce nouveau manga se déroule après la défaite de Marek face à Yami Yûgi. Un homme du nom de Tenma Yakô veut se venger de Yûgi pour ce qu'il à fait à Pégasus. Il prend possession des locaux de la KaibaCorp et utilse le Solid Vision System. (dernier système holographique). Tenma Yakô défie alors Yami sur le toit du lycée et lui explique qu'il a kidnappé Anzu et celle qui est à ses côté n'est en fait qu'un hologramme.

Son but est de déclancher le projet R.A et d'utiliser Anzu comme sacrifice afin de ramener Pégasus. Yûgi n'a donc pas d'autres choix que d'aller à la KaibaCorp pour sauver Anzu. Mais son adversaire (à Yûgi donc) possède des cartes divines maléfiques.. qui pourraient être plus puissantes que les cartes de dieux. Yûgi et Joey vont donc devoir défier les 13 Cards Professors de Tenma afin d'arriver jusqu'à lui et le battre.

 

A noter pOur tOus : Yu-Gi-Oh! R. n'est pas une suite. Ce nouveau manga s'insère après les finales de Battle City et avant le Monde de la Mémoire.

~> Dès le Duel Round 4, on découvre que c'est Bandit Ken qui a engagé les Cards Professors et qu'il fait partie de cette nouvelle machination.