L'épisode débute par un combat Pokémon où l'on fait connaissance avec Kenta, le héros de l'histoire, qui bat sans problèmes son adversaire avec son Pokémon partenaire et meilleur ami, Typhlosion.

Pendant ce temps, Bashou et Buson, 2 membres d'élite de la Team Rocket, reçoivent une mission : capturer un maximum de Pokémon Électriques avec l'aide de la toute nouvelle machine du Pr. Shiranui, le "Crystal System", qui a la particularité d'absorber et/ou renvoyer l'électricité envoyée par le Pokémon, qui peut créer un champ magnétique impénétrable, et même peut servir d'électroaimant.

Kenta arrive à un Centre Pokémon, où il rencontre une amie d'enfance, Marina, qui rêve de devenir une Idole Trainer et qui est partie pour son voyage initiatique le même jour que Kenta (et dont il n'avait plus de nouvelle jusqu'à ce jour). Après s'être pris des nouvelles deux respectivement, ils décident de faire un match Pokémon afin d'évaluer leur niveau.

Le match semble aller en faveur de Kenta, quand la Team Rocket commence à faire marcher son Crystal System dans une zone proche du Centre Pokémon. Grâce au Pokémon partenaire de Marina, Feuforêve, Kenta et Marina surprennent la Team Rocket en train de capturer un tas de Pokémon Électriques à l'aide de leur machine infernale, quand soudain...

Le légendaire Raïkou, le Pokémon Tigre de Foudre, apparaît !!! La Team rocket a réussi à attirer dans leurs griffes l'ultime Pokémon Électrique ! Avec le Crystal System, ils sont sur le point de s'emparer du Pokémon, quand Kenta et Marina interviennent, et parviennent à les mettre temporairement en déroute.

Cependant, Raïkou est salement blessé à cause du Crystal System, Kenta parvient à le persuader de l'emmener au Centre Pokémon, où il est soigné.

Tandis que la TR se prépare à revenir, arrive au Centre Pokémon Minaki, alias Eusine dans nos versions françaises : cet homme est à la recherche des Pokémon Félins Légendaires, et rêve de les rencontrer... Rêve réalisé avec Raïkou ^^

Le lendemain matin, Raïkou s'enfuit du Centre Pokémon, tandis que la Team Rocket revient à la charge avec leur Crystal System. Kenta et Marina, avec l'aide d'Eusine, se lancent à la poursuite de Raïkou.

Lorsqu'ils le rejoignent, Raïkou est déjà salement blessé par la machine infernale de la Team Rocket. Kenta et Marina combattent à nouveau la TR, et pendant le combat arrive Junitsu, ami d'enfance de Kenta et de Marina, qui a débuté son voyage initiatique Pokémon le même jour qu'eux et avec un Germignon qu'il a fait évoluer en Méganium.

Cependant, la TR profite d'un moment de confusion pour s'emparer de Raïkou et s'enfuir. Mais Marina a vu l'entourloupe, parvient à suivre la Team Rocket et à libérer Raïkou, mais en faisant cela elle se fait capturer par Bashou et Buson.

Heureusement, Kenta, Junitsu (qui est horriblement inquiet pour Marina ) et Eusine parviennent à la retrouver ainsi que la Team Rocket.

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La Team Rocket tente une fois de plus de capturer Raikou, et ils tiennent à distance Kenta et ses amis en se servant de Marina comme otage. Mais cette fois, Raikou combat de telle manière que le Crystal System ne le touche pas mais plutôt la TR, et dans la confusion Kenta et Junitsu parviennent à libérer Marina.

Après un long, terrible et haletant combat entre la TR d'un coté, et Kenta, Marina, Junitsu et Eusine de l'autre, tandis que Raikou est de plus en plus affaibli par le Crystal System, la TR est finalement vaincue, et s'enfuit piteusement.

Raikou détruit le Crystal System, et quitte Kenta et ses amis, une lueur de reconnaissance dans les yeux.

Peu après ces événements, Kenta, Marina et Junitsu reprennent leur route, chacun de son coté, mais au moins Kenta garde maintenant un contact avec Marina !

Fin